Jeśli chodzi o jakość wykonania karoserii, to powinniśmy być spokojni. BMW serii 5 od lat znajduje się w ścisłej czołówce jakości montażu i wykonania. W egzemplarzach bezwypadkowych korozja nie występuje.
     Popularność modelu powoduje, że w razie wypadku nie będzie większych problemów zakupem części. Mamy dostęp do części oryginalnych jak i dużo tańszych zamienników. Ceny tych drugich jak na auto tej klasy są naprawdę niskie. Problem może stanowić zakup części ozdobnych, takich jak listwy, emblematy, czy różnego rodzaju wykończania.

      Gorzej sprawa wygląda z podwoziem i zawieszeniem. Zawieszenie jest wielowahaczowe z przodu jak i z tyłu. Większość sworzni wymienia się niestety całymi wahaczami, które są drogie. Ich konstrukcja jest aluminiowa, aby jak najbardziej zredukować masę nieresorowaną.
Amortyzatory również nie należą do najtańszych, ale warto tutaj nie oszczędzać i zakupić dobrej marki. Samochód waży ok. 1,5 tony wiec Polskie drogi dają mu się we znaki.
     W modelu 525 tds z manualną skrzynia biegów warto sprawdzić sprzęgło. Zastosowano tu dwumasowe koło zamachowe w celu kompensacji przeciążeń podczas ruszania. Przy konieczności wymiany, będzie to spory wydatek.

      Silnik wysokoprężny 2,5 l jest sprawdzoną konstrukcja, która wykorzystuje wtrysk pośredni. Charakteryzuje się wysoką kulturą pracy, przyzwoitymi osiągami i stosunkowo niskim zużyciem paliwa. W praktyce ok. 6 - 11 l/100 km.
      Konstruktorzy zrobili wszystko, aby ograniczyć do minimum czynności obsługowe. W głowicy ze stopów lekkich znajdują się hydrauliczne kompensatory luzu zaworowego, a rozrząd napędzany jest łańcuchem. Przy przebiegach rzędu 200 - 300 tyś km może być potrzebna jego wymiana. Koszt wymiany wraz częściami może przekroczyć 2000 tyś. zł.
     Aby nie wystąpiły problemy z silnikiem, należy go odpowiednio eksploatować. Zabójcze są sprinty na zimno, długotrwała jazda z maksymalną prędkością, gwałtowne wyłączenie silnika, który jeszcze przed chwila pracował na wysokich obrotach. Powoduje to najczęściej uszkodzenie turbiny a nawet głowicy.

      Typowe bolączki tego silnika w okresie dużych przebiegów to trudności z uruchomieniem ciepłego silnika. Winę za to ponosi zużyta pompa wtryskowa, a regeneracja to spory wydatek. wydatek ostateczności można się ratować montażem małego układu elektronicznego, który powoduje, że świece żarowe pracują przy każdym rozruchu samochodu.
      BMW E39 z silnikiem Diesla to samochód nowoczesny i mimo, że jego spalanie jest nieduże, koszty utrzymania będą powyżej przeciętnych. Użytkownik powinien być przygotowany na minimum obsługi zalecanej przez producenta. Wersje nowsze z silnikami w których zastosowano rozwiązanie common rail, to już droższa obsługa i eksploatacja w razie awarii.